Durch das Hochschulfreiheitsgesetz vom 31.10.2006 werden die Hochschulen als Körperschaften des öffentlichen Rechts verselbstständigt, wodurch sie keine staatlichen Einrichtungen mehr sind. Die Landesregierung löst damit die Hochschulen aus der Fachaufsicht des Landes und überträgt ihnen weiterreichende Kompetenzen und die Verantwortung für Finanz-, Personal- und Organisationsentscheidungen. Das Land übt über das Ministerium für Innovation, Wissenschaft, Forschung und Technologie nur noch die Rechtsaufsicht über die Hochschulen aus.

Das Hochschulfreiheitsgesetz sieht als neues Leitungsgremium ein Präsidium vor. Grundlegend neu ist auch die Einrichtung eines Hochschulrates für die Hochschulen, der das Präsidium berät und die Aufsicht über dessen Geschäftsführung ausübt. Er wählt die Mitglieder des Präsidiums. Seine Zustimmung bzw. Stellungnahme ist in grundlegenden Angelegenheiten wie beispielsweise beim Hochschulentwicklungsplan oder bei den Zielvereinbarungen einzuholen. Dem Hochschulrat ist somit die Fachaufsicht übertragen, die bisher beim Ministerium lag.

Mit Inkrafttreten des Hochschul­freiheitsgesetzes steht das Personal im Dienst der jeweiligen Hochschule (§ 2 Abs. 3 Satz 1 HFG Entwurf). Dies gilt für alle Beamten, Angestellten und Arbeiter sowie z.B. für wissenschaftliche und studentische Hilfskräfte.